1、成交价过低。国债逆回购是需要支付佣金的，并且不用的逆回购天数收取的佣金不同，如果说在逆回购的时候成交价格过低，一旦遇到收入低于佣金的情况，那么本次国债逆回购就亏本了。

2、买卖时机不对。现在国债逆回购的计息天数已经变为了实际占用天数，比方说在周五操作了一笔3天期的逆回购，但实际占款天数只有1天，这样来看成交的利率是非常不理想的。毕竟成交的利率与实际占款天数有很大的关系。

3、交易系统故障。国债逆回购要通过股票账户进行卖出，如果说系统遭遇故障，可能会出现预期收益显示异常，数据异常的情况。这样一来只能等系统维护正常以后，才能知道本次交易是否亏损。不过这种情况发生的可能性极低。

国债逆回购是需要支付佣金的，因此国债逆回购的过程中，国债的成交价格过低就会到账投资者亏损。

国债逆回购的亏损主要是成交价过低造成的，因为国债逆回购是需要支付一定的佣金费用的，如果成交价过低，就会到账投资的本金也会有所亏损，最后到账逆回购过程亏损。