二者都是指美好年华的意思。芳华正茂着重强调花香般的美好年华；风华正茂主要强调风采和才华的美好时候。

所谓芳华正茂，就是形容在如芬芳的花一样的年华正是最灿烂的季节，也可以认为是拥有青春，才华，正是开始走向人生巅峰的意思。一般形容女生吧。男生的话应该是风华正茂吧。