顺式作用元件本质上说是一段DNA序列，存在基因序列的上游或者是下游，来对基因的表达进行调控。而反式作用因子实际上是一些可以调控基因表达的蛋白质分子，这些蛋白质通过与顺式作用元件发生作用来调控基因表达。

顺式作用元件顺式作用元件存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等，它们的作用是参与基因表达的调控。

顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。

反式作用因子：指和顺式作用元件结合的可扩散性蛋白，包括基础因子，上游因子，诱导因子。

顺式作用元件件在分子遗传学领域，相对同一染色体或DNA分子而言为“顺式”；对不同染色体或DNA分子而言为“反式”。