长江科学院始建于1951年，是国家水利行业的重点科研单位，是水利部非营利科研机构之一，隶属水利部长江水利委员会。

长江科学院以水利水电科学研究为主，为国家水利事业、长江治理开发和水行政管理提供科技支撑，并面向国民经济建设相关行业开展技术服务、科技开发。下设12个专业研究所。主要专业有：防洪减灾、河流泥沙、水资源与生态环境、水土保持、工程安全与病害防治、空间信息技术应用，水力学、土工与渗流、岩石力学、水工结构、基础处理、工程材料、爆破与抗震、机电控制设备、自动化与水工仪器等。长江科学院自20世纪50年代起，长江科学院先后为长江三峡、南水北调、长江堤防等200余项大中型水利水电工程建设、长江干支流河道治理，以及国家自然科学基金项目、水利基础科研项目、相关行业科研项目和国际援助与合作项目，开展了大量卓有成效的科学试验研究，提供了7000余份科研成果。其中经国家、省部级鉴定的重大科研成果近100项；获国家、省部级奖300余项；获国家实用新型及发明专利30余项。 长江科学院现有在职职工800余人，教授级及具有高级技术职称人员240余人，博士(后)、硕士130余人。长江科学院研究生部有二个硕士学位授予点。拥有各类先进科研仪器设备4000余台(套)。在汉口、宜昌、重庆、丹江口设有科研基地。选址于武汉经济技术开发区的“长江防洪模型”利用世行贷款项目科研基地占地约600亩，是建国以来国家投资最大的水利科研项目。水利部长江科学院工程质量检测中心承担长江流域和西南诸河工程质量检测。长江计量检定中心开展有关科研试验计量，仪器设备的检定、校正工作。

2000年7月，长江科学院在全国水利科研单位中首家通过了ISO-9001质量体系认证。拥有国家二级档案馆。学术刊物《长江科学院院报》是全国中文核心期刊，在国内外公开发行。

2003年，长江科学院荣获全国五一劳动奖状。