院系是一所高校对开办专业进行分类的划分层次。“院”指的是二级学院，俗称学院。高校可以设立若干个二级学院，二级学院又可以再划分为若干个系。本科专业按学科门类名称命名二级学院名称、按专业类别名称命名系名称，专科专业按专业大类名称命名二级学院名称、按专业类名称命名系名称，把专业名称归类到相应的二级学院和系，达不到设立二级学院的专业跨度的不设立二级学院，是最科学的院系分类方法。比如，某高校本科设立管理学院、管理学院设立工商管理系（有市场营销、财务管理、资产评估专业）和旅游管理系（有旅游管理、会展经济与管理专业），专科设立农林牧渔学院、农林牧渔学院设立农业系（有食用菌生产与加工专业）、林业系（有自然保护区建设与管理专业）、畜牧业系（有动物医学专业）、渔业系（有水产养殖技术专业）。不过，目前国内没有多少高校是按这个方法设立院系的，需要改进。