标记基因是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用。在基因工程意义上来说，它是重组DNA载体的重要标记，通常用来检验转化成功与否；在基因定位意义上来说，它是对目的基因进行标志的工具，通常用来检测目的基因在细胞中的定位。

标记基因是帮助对转基因生物工程体进行筛选和鉴定的一类外源基因，包括选择标记基因和报告基因。在选择压下，不含标记基因及其产物的非转化细胞和组织死亡，转化细胞由于有抗性而可以继续存活。

常用的选择标记基因有抗生素抗性基因和除草剂抗性基因，常用的报告基因有荧光素酶（emphasis：role=italiclucemphasis）、氯霉素乙酰转移酶（emphasis：role=italiccatemphasis）以及绿色荧光蛋白（emphasis：role=italicgfpemphasis）基因等。有时，标记基因本身就是目的基因，如除草剂抗性基因。另外，还包括转入的载体骨架，如启动子序列、T-DNA左右边界等。

1、标记基因就是载体上的一个记号，用来检测目的基因是否成功导入受体细胞。

2、机理是：前提目的基因，标记基因都在质粒上，只要知道标记基因进入受体细胞就证明质粒也进入受体细胞了，又因为目的基因也在质粒上，所以也就证明目的基因进入到受体细胞了。一般都是一些抗性基因作为标记基因。

3、普通的大肠杆菌会被四环素***死，但是导入的质粒上如果带有抗四环素的标记基因的话，就不会被四环素***死了。

4、因此，只要把大肠杆菌放在四环素上培养，只要大肠杆菌不死，就证明四环素基因进去了，进一步证明，重组质粒进去了，然后目的基因也进去了，相反，如果大肠杆菌死了，那就是目的基因没进去。