1、通用的， 没什么区别。

2、 推荐写作“启航”。

3、“起航”是异形词，不推荐使用(可以参考国家发布的异形词整理表)。

4、 另外，首次航行叫“首航”。

5、启航和起航，没有什么区别，可以通用。

6、用于车、船、飞机开始上路意思，二者可以互用。

7、 例如: [启程]起程，上路;---见《现代汉语词典》889页 [启运]起运，---见《现代汉语词典》889页 [起程]上路，行程开始;---见《现代汉语词典》891页 [起航]轮船出发，---见《现代汉语词典》891页 但是，有的地方不通用: 例如; [起跑][起步]，不能写为:启跑，启步。