全国学生资助管理中心属于教育部直属单位，正厅局级单位。

1999年9月，经中央机构编制委员会办公室批准，在教育部成立“全国学生贷款管理中心”，负责落实国家助学贷款政策，同时作为国家助学贷款部际协调小组的日常办事机构。2019年2月，为进一步做好各级各类教育家庭经济困难学生资助工作，中央机构编制委员会办公室批准，将“全国学生贷款管理中心”更名为“全国学生资助管理中心”。