南昌工程学院本科和专科是两个不同的教育层次，虽然都是南昌工程学院的教育体系，但是本科和专科是分开招生、分开管理、分开教学的。本科是高等教育的一种，培养的是具有较高学术水平和专业技能的人才；而专科则是中等职业教育的一种，培养的是具有一定职业技能和实践能力的人才。因此，南昌工程学院本科和专科是两个独立的教育体系，虽然在同一个学校，但是教学内容和培养目标不同。