元朝是被起义军朱元璋等灭亡的。

元朝的灭亡原因：元中期政变频繁，政治始终未上正轨。后期政治腐败，权臣干政，民族矛盾与阶级矛盾日益加剧，导致元末农民起义，被朱元璋所灭。

元朝（1271年—1368年），由蒙古族建立，是中国历史上首次由少数民族建立的大一统王朝。定都大都（今北京），传五世十一帝，历时九十八年。

元朝持续对外扩张，但在出海征伐日本和东南亚诸国时屡遭失利，如元日战争、元越战争、元缅战争、元爪战争等。元中期政变频繁，政治始终未上正轨。后期政治腐败，权臣干政，民族矛盾与阶级矛盾日益加剧，导致元末农民起义。

1368年，朱元璋称帝建立明朝，随后北伐驱逐元廷攻占北京。此后元廷退居漠北，史称北元。

朱元璋为了彻底扫除北元势力，于1388年5月命蓝玉率领明军十五万发动第六次北伐。

明军横跨戈壁至捕鱼儿海（蒙古国贝尔湖）击溃元军，俘虏八万余人，元天元帝和他的长子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明军擒住，至此北元国势大衰。1388年元天元帝及长子天保奴被阿里不哥后裔也速迭尔***害，北元不再使用年号及大元国号。