DNA的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构。两条多核苷酸链以相同的旋转绕同一个公共轴形成右手双螺旋，螺旋的直径2.0nm；两条多核苷酸链是反向平行的，一条5’-3方向，另一条3’-5’方向；两条多核苷酸链的糖-磷酸骨架位于双螺旋外侧，碱基平面位于链的内侧；相邻碱基对之间的轴向距离为0.34nm，每个螺旋的轴距为3.4nm。