原子、离子和分子的区别包括:

性质不同、特性不同、结构不同等。其中，由组成的原子按照一定的键合顺序和空间排列而结合在一起的整体，这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构。

化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割，离子是原子由于自身或外界的作用而失去或得到一个或几个电子。使其达到最外层电子数为8个或2个或没有电子的稳定结构。

分子质量和体积都很小分子总是在不断运动着的，温度升高分子运动速度加快分子之间有间隔，一般说来来说气体分子间隔距离较大。液体和固体的分子之间的距离较小。

原子的质量非常小不停地作无规则运动。原子间有间隔同种原子性质相同不同种原子性质不相同。