上海市水务局，为市***组成部门，上海市海洋局与上海市水务局合署办公。

机关内设机构有：

（一）办公室

（二）政策法规处

（三）综合规划处

（四）计划财务处

（五）建设管理处（农村水利处）

（六）水资源处（市节约用水办公室）

（七）滩涂海塘处

（八）海域海岛管理处

（九）海洋环境保护处

（十）防汛和安全监督处

（十一）科技信息处

（十二）水土保持处

（十三）组织人事处

按有关规定设置纪检监察机构和机关党委。

下属事业单位有：

上海市水务业务受理中心、上海市水利管理处、上海市供水管理处、上海市排水管理处、上海市堤防（泵闸）设施管理处、上海市水文总站、上海市水务规划设计研究院、上海市供水调度监测中心、上海市防汛信息中心、上海市海洋管理事务中心等。