上海崇明区辖16个镇、2个乡：城桥镇、堡镇、新河镇、庙镇、竖新镇、向化镇、三星镇、港沿镇、中兴镇、陈家镇、绿华镇、港西镇、建设镇、新海镇、东平镇、长兴镇、新村乡、横沙乡。

崇明陆域总面积1413平方公里，主要由崇明、长兴、横沙三岛及环绕在周围的浅滩、沙洲组成，滩涂资源丰富。西接长江，东濒东海，南与上海市浦东新区、宝山区、嘉定区及江苏省苏州市太仓市隔江相望，北与江苏省南通市海门区、启东市相隔。

崇明区崇明岛位于中国海岸线中点位置，地理方位东经121°09′30″至121°54′00″，北纬31°27′00″至31°51′15″，地处中国最大河流长江入海口。全岛面积1269.1平方公里，东西长80公里，南北宽13一18公里。全岛三面环江，一面临海。