纤毛与鞭毛的直径大致相同，为150～300nm，但长度和数量有别。纤毛长约1～10μm，鞭毛长于20μm，也有长达2mm者；纤多数量多，如纤毛上皮细胞约有300根，草履虫有3000根，箭管虫有 14 000根。鞭毛一般只1～2根，亦有鞭毛数较多的情况。

鞭(纤)毛为柔软而能弯曲的弹性体。鞭毛作波动式运动，动作方向与其长轴平行，类似摇橹动作，且各自独立调节方向和速度；纤毛则作摆动式运动，动作方向与其长轴垂直，类似划桨动作。