机关单位应设立专门负责保密工作的部门：

1、会设置保密工作机构。

2、机关单位应该设立或者指定（根据不同条件）保密工作机构专门负责保密工作。

3、一般情况下，不同级别下，涉密人员数量达到一定标准才要设立专门的保密工作机构。