哈尔滨工程大学目前比较好的专业有如下几个，第1个就是重点专业，国家特色专业叫做核工程与核技术，第2个专业就是国家特色的专业是自动化，第3个专业就是国家特色专业测控技术与仪器，第4个专业就是哈尔滨工程大学与南安普顿，海洋联合工程学院合作的专业也叫做自动化，它也是国家特色专业。