菌株(在非细胞型的病毒中则称毒株或株)是指从不同来源的标本中分离而得的相同菌种,它表示任何由一个独立分离的单细胞(或单个病毒体)通过无性繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。

因此,一种微生物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均可称为某菌种的一个菌株。

如培养伤寒杆菌时可从血液中、骨髓中、粪便中、胆汁中进行分离培养,而以胆汁中者最为良好,称为标准株。