液体菌种生产与固体培养不同，是以液体做培养基，通过多级发酵培养得到菌液，发酵菌液中含有大量的菌丝体，可直接做液体菌种。目前，液体菌种发酵生产的工艺流程有：

一是摇瓶培养工艺，即斜面母种→一级摇瓶种子→二级摇瓶种子→三级摇瓶种子；

二是深层发酵罐培养工艺，即斜面母种→种子罐→发酵罐→液体菌种。少量可用摇瓶震荡培养，大量的才用发酵罐通气培养。在农村庭院菇场，一般规模厂（场）及有条件的专业户都可采用摇瓶培养，这种方式培养设备简单，投资较少，技术不太复杂，有一般技术的人员均可采用，易于推广应用。