有区别，有以下两点区别：

靠前，微店和微信公众号主要用途不同。

1、微店是帮助卖家在手机开店的软件。

2、通过公众号，商家可在微信平台上实现和特定群体的文字、图片、语音、视频的全方位沟通、互动。形成了一种主流的线上线下微信互动营销方式。

第二，微信公众号所开的微信小店只是微店的一种方式，很多微店有自己的APP，不用依托微信。