石河子大学前身诞生于1949年9月中国人民***解放新疆的进军途中，1996年4月由石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建。

石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、国家西部大开发重点建设高校和省部共建高校，是“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）入选高校。2017年学校入选国家“双一流”建设（一流学科）高校，全国首批深化创新创业教育改革示范高校、第三批“全国高校实践育人创新创业基地”。2018年学校入选教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校。 2019年学校入选第二批“全国党建工作示范高校”培育创建单位。2020年学校获评“全国文明校园”。