大片的水葫芦会堵塞河道、影响航运、阻碍排泄；而且水葫芦生长非常迅速，还会破坏本地水源的生态系统；水葫芦还会吸附大量有毒的金属物质，死亡后沉入水底造成污染。

水葫芦为血吸虫、蚊蝇提供了滋生地，给蚊子的幼虫提供了繁殖和呼吸的机会。水葫芦的覆盖导致了水的蒸发量增倍，比普通河水的蒸发量高出8～10倍，加快了水源损失。

水葫芦还对淡水的水质有很大影响；大量的水葫芦覆盖水面会使水的PH值降低，CO2浓度增高，水中的酸度增加，使水资源不能使用，更加无法饮用。