分子间存在氢键的有乙醇、乙酸、水、氟化氢、氨气，还有对羟基苯甲醛，分子内氢键如苯酚邻位上有羧基、醛基、氨基、羟基等，再如邻羟、基苯、甲醛等。
分子间氢键是分子间有氢键的液体，一般粘度较大。例如甘油、磷酸、浓硫酸等多羟基化合物，由于分子间可形成众多的氢键，这些物质通常为粘稠状液体。熔点、沸点分子间有氢键的物质熔化或气化时，除了要克服纯粹的分子间力外，还必须提高温度，额外地供应一份能量来破坏分子间的氢键，所以这些物质的熔点、沸点比同系列氢化物的熔点、沸点高。