一、性质不同：1、学生会是学校党委领导下、团委指导下的主要学生组织。2、团总支是中国共青团的总支部委员会，是在党委和共青团团委领导下的青年团总支部委员会。

二、基本任务不同：1、学生会维护校规校纪，倡导良好的校风、学风，促进同学之间、同学与教职员工之间的团结等等。