口袋妖怪绿宝石共有386只神兽，其中包括传说中的鸟宝可梦、犬宝可梦、猫宝可梦、龙宝可梦等。

它们分布在游戏中的不同区域，玩家需要通过与其他训练师对战、完成任务、在野外捕捉等方式逐一收集。其中一些神兽的出现需要特定条件，如雷公需要在游戏结束后在卡洛斯山顶上完成任务并获得电击之钥才能出现，而鸟宝可梦们则需要在不同时间段内到不同的地点才能遇到。玩家需要细心探索，才能将所有的神兽收入囊中。