昆明海关的前身为蒙自海关，于1889年成立。1910年滇越铁路通车至云南府（昆明），蒙自海关在云南府设立分关。1932年1月1日，蒙自关税务司移驻云南府分关办公，蒙自关仍保留总关名义。1942年2月4日，蒙自、腾越两关合并，成立昆明海关。