2000年10月20日新成立的自动化学院是全院教职工经过艰苦奋斗和开拓发展的一个新的里程碑。学院下属四系一所两中心：自动控制系、电气工程系、测试工程系、生物医学工程系、飞行控制研究所以及电子教学中心、电工教学中心。经过多年的建设和发展，学院现拥有3个博士后流动站,3个一级博士学位授予权学科（含11个二级博士学位点）；13个硕士学位授予权学科；4个本科专业，1个部级航空科技重点实验室，2个江苏省重点学科，2个国防重点学科。学院现有在校学生2900多人。50多年来，学院已培养一万多名本科生和千名研究生，他们中有的已经成为院士、学科带头人、国内外知名专家，有的成为企业或科研院所的技术骨干，为我国的国民经济与国防建设做出了重要的贡献。