根据《中华人民共和国增值税法》和《财政部、国家税务总局关于全面推开营改增试点工作有关财税政策的通知》等相关法规规定，三代手续费返还收入属于服务行业的营业收入，应当缴纳增值税。
具体来说，三代手续费返还收入是指企业向税务局申请办理税务登记、变更、注销等税务事项时，按照规定需要缴纳的手续费用，当企业满足一定条件后，可以向税务局申请返还这部分手续费用。这部分返还收入，按照增值税的税率进行计算并缴纳增值税。

需要注意的是，企业在申请三代手续费返还时，应当按照规定填写申请表，提供相关证明材料，经过税务局审核后才能获得返还。如果企业未按照规定程序进行申请，或者提供的证明材料不符合要求，可能会被税务机关认定为违规行为，导致返还申请被驳回或者税务机关对企业进行处罚。
因此，企业在申请三代手续费返还时，应当认真了解相关法规和政策，按照规定程序进行申请，并及时缴纳应当缴纳的增值税，以确保自身合法合规经营。