在深圳工资5500元的情况下，个人所得税的计算方法如下：
首先，需要确定本人的月收入：5500元。
然后，需要减去社保公积金等五险一金的缴纳金额。假设社保公积金等五险一金的缴纳金额为1000元，那么本人的应纳税所得额为5500-1000=4500元。
根据税法规定，个人所得税的计算采用累进税率计算。深圳的累进税率为：不超过3000元的部分，税率为3%；超过3000元不超过12000元的部分，税率为10%；超过12000元不超过25000元的部分，税率为20%；超过25000元不超过35000元的部分，税率为25%；超过35000元不超过55000元的部分，税率为30%；超过55000元不超过80000元的部分，税率为35%；超过80000元的部分，税率为45%。
根据上述税率，可得出本人应缴纳的个人所得税金额：
不超过3000元的部分，税率为3%，应纳税金额为4500×3%=135元；
超过3000元不超过12000元的部分，税率为10%，应纳税金额为(4500-3000)×10%=150元；

超过12000元不超过25000元的部分，税率为20%，应纳税金额为0元；
超过25000元不超过35000元的部分，税率为25%，应纳税金额为0元；
超过35000元不超过55000元的部分，税率为30%，应纳税金额为0元；
超过55000元不超过80000元的部分，税率为35%，应纳税金额为0元；
超过80000元的部分，税率为45%，应纳税金额为0元。
因此，本人的个人所得税应为135元+150元=285元。
总结：在深圳工资5500元的情况下，个人所得税应为285元。