南沙群岛海域蕴藏着大量的矿藏资源，有石油和天然气、铁、铜、锰、磷等多种。其中油气资源尤为丰富，地质储量约为350亿吨，有“第二个波斯湾”之称，主要分布在曾母暗沙、万安西和北乐滩等十几个盆地，总面积约41万平方公里，仅曾母暗沙盆地的油气质储量约有126至137亿吨。
气候属热带海洋性季风气候，月平均温度在25至29℃之间，雨量充沛，岛上灌木繁茂，海鸟群集，盛产鸟粪，两栖生物丰富，水产种类繁多，是我国海洋渔业最大的热带渔场，有浮藻植物155种，浮游动物200多种，贝壳66种。