宇智波止水为避免因他眼睛而引起战争，他制造了自毁双眼的假象，然后投河自尽。波风水门时期九尾之乱使木叶高层将矛头纷纷指向宇智波，同时由于宇智波族人对自己的处境日渐不满，宇智波富岳带领族人试图发动政变。当时宇智波鼬已经不被族人所信任，于是宇智波止水被要求监视宇智波鼬，同时也是因为宇智波止水是当时宇智波一族战力最强的忍者之一。

在卡卡西暗部篇中止水面见三代目火影，打算在宇智波一族的集会上观察宇智波富岳的态度，如果政变无法阻止，就使用最强幻术-别天神改变他的想法从而阻止叛乱。但是志村团藏并不相信他，同时也是为了夺取他的万花筒写轮眼，所以使用伊邪那岐偷袭止水成功，并夺去了他的右眼。后止水使用瞬身术逃走，止水计划失败。

由于万花筒写轮眼拥有可怕的瞳力，且担心最后一只左眼也落入团藏之手，止水将左眼托付给宇智波鼬，让鼬用它守护村子，并保守这个秘密。之后，为避免因他眼睛而引起战争，他制造了自毁双眼的假象，然后投河自尽。