自然人税收管理系统是一个集中管理个人所得税信息的平台，包括扣缴客户端和扣缴端两个不同的部分。它们的主要区别在于功能和操作方式。
扣缴客户端主要是为纳税人提供服务的，纳税人可以通过该客户端查询个人所得税信息、申报纳税、办理税务登记等操作。扣缴客户端的操作界面更加友好，使用起来更加简单。
扣缴端则是为企业或其他扣缴义务人提供服务的，主要负责扣缴个人所得税并上报信息。扣缴端的操作界面相对扣缴客户端更加复杂，因为需要涉及到更多的纳税信息和报表。
此外，扣缴客户端和扣缴端在数据的来源和使用上也有所不同。扣缴客户端主要是由纳税人自行填报和上传个人所得税信息，而扣缴端则是通过企业或其他扣缴义务人的工资、薪金、稿酬等支付信息自动获取纳税信息。
总的来说，扣缴客户端和扣缴端在功能和操作方式上有所不同，但都是自然人税收管理系统的重要组成部分，为个人所得税征收和管理提供了便利。