物流运输的增值税税率是13%。增值税是一种按照销售环节逐步征收，最终由最终消费者承担的税费。在物流运输中，增值税是按照运费金额计算的，税率为13%。运输企业在开具运费*****时，需要将运费金额乘以13%的税率计算出增值税金额，并在*****上明确标注。
对于物流企业来说，增值税是一项重要的税收。一方面，增值税是企业的财务成本，需要在成本核算中进行计算和管理。另一方面，增值税也是企业的税收负担，需要按照规定的时限缴纳税款。

在物流运输中，增值税的征收和管理也面临一些挑战和问题。例如，一些小型物流企业可能存在税收管理不规范，税务风险较高的情况。此外，物流运输涉及到多方面的合作，增值税的计算和分摊也可能存在争议和困难。
因此，对于物流企业来说，需要加强税收管理和合规意识，规范税务行为，避免税务风险。同时，也需要积极探索和应用新的税收管理技术和工具，提高税收管理效率和质量。