自然人股东以转让股权获得的收益需要缴纳个人所得税。自然人股东股权转让个人所得税管理办法指明了纳税主体、计税依据、纳税方式和纳税申报等方面的规定，对自然人股东股权转让个人所得税的征收和管理提供了明确的指引。
自然人股东股权转让应当以实际受让方所付款项减去投资成本后的所得为个人所得税的计税基础。纳税主体为个人，纳税方式分为扣缴和自行纳税两种形式。对于合伙企业的股权转让，投资企业应当代扣代缴个人所得税，其余情况则需要自行办理纳税申报。纳税人在自行办理纳税申报时，应当按照相关规定填写税务申报表，并在规定期限内向税务机关申报和缴纳个人所得税。

为了规范自然人股东股权转让个人所得税的征收和管理，中华人民共和国国务院颁布了《个人所得税法》和《中华人民共和国个人所得税法实施条例》，进一步完善了相关的法规与规章制度。同时，各级税务机关也开展了大力宣传和公开发放宣传资料，以提高广大纳税人自觉遵循税法纳税的意识。
自然人股东股权转让个人所得税管理办法的出台，有利于规范自然人股东股权转让个人所得税的征收和管理，促进了税收征管的规范化与现代化建设，对于维护税法的权威性和公正性具有重要的意义。