在进行所得税汇算清交时，企业发放的工资总额应包括由企业交纳的五险一金。这是因为五险一金是企业为员工提供的社会保障福利，是员工的收入组成部分。在计算个人所得税时，五险一金也应作为工资收入计入税前工资总额中。
所得税汇算清交是指每年度结束后，纳税人需要向税务部门申报所得税的应纳税额，如果实际缴纳的税款超过应纳税额，则可以申请退税。在进行所得税汇算清交时，企业需要将全年度的工资总额列入计算，包括员工实际领取的工资和企业为员工缴纳的五险一金等福利。

在汇算清交时，企业需要填写《企业所得税年度纳税申报表》。其中，应填写的工资总额应为企业实际发放给员工的工资总额，包括五险一金等福利。如果企业没有按照规定为员工缴纳五险一金，那么就不能将其计入工资总额中，否则会被认为是违规操作，存在税务风险。
总之，在进行所得税汇算清交时，企业发放的工资总额应包括由企业交纳的五险一金。企业需要按照规定为员工缴纳五险一金，确保员工的社会保障权益，并避免税务风险。