农产品进项税率的设定是由国家税务总局根据税法规定和国家财政政策制定的。目前，农产品进项税率分为10%和9%两个档次。
首先，10%的税率适用于一般纳税人的农产品进项。这是因为农产品属于消费品，而消费品一般都要缴纳较高的消费税，因此进项税率也相对较高。
其次，9%的税率适用于小规模纳税人的农产品进项。小规模纳税人是指年销售额不超过500万元的企业或个体工商户，其销售额较小，税负相对较轻，因此进项税率也相应降低。
此外，农产品进项税率的设定还考虑了国家财政政策的因素。农业是国家的基础产业之一，为了促进农业发展和支持农民增收，国家对农产品进项税率进行了优惠政策的设定，以减轻农民的税负，鼓励农产品生产和销售。
总之，农产品进项税率的设定是基于税法规定、国家财政政策和行业特点等多方面因素综合考虑的结果，旨在平衡税收和农业发展的关系，促进农产品生产和销售的健康发展。