财付通违规被整改是指财付通被一位专职律师举报给了官方监管部门，原因是京东商城的关联企业没有支付业务许可证，但是财付通却为其提供了二次清算支付服务，这有违相关管理规定，之后监管部门核实了情况，对财付通做出整改决定，所以网络上就此流传出了财付通违规被整改的消息。另外，二次清算是指金融支付机构把资金结算给另一家没有支付资质的机构，再让这个机构将资金支付给商户，这是违规行为。