出口退税申报系统有三种版本，包括单机版、离线版和在线版。单机版指的是该系统可以在一个独立的终端设备上运行，不需要网络连接和数据传输。离线版和在线版都需要连接网络。离线版需要手动将数据文件下载到本地，并在本地计算完成后再将计算结果上传到系统中进行提交。在线版是在联网的情况下直接通过网页提交申报材料。三种版本可以灵活地根据企业的实际需求进行选择，以满足不同的出口退税申报需求。
单机版有着通用性、简易性和易用性强的特点，适合于中小企业和单一贸易方式的申报。企业可以将这个版本安装在本地计算机上进行操作，无需考虑外部环境和网络连接问题。单机版还可以方便地备份和恢复数据，使企业的财务信息更加安全可靠。

离线版和在线版则更适合于大型企业和多元化贸易方式的申报。离线版在安全性和稳定性方面更加强大，可以在本地计算机上进行离线申报，保证企业的隐私和数据安全。在线版则更加方便快捷，企业可以在任何能够联网的地方进行申报，并即时得到反馈和处理结果，提高了申报效率和质量。
出口退税申报系统的三种版本各有优缺点，企业需要根据自身的规模、贸易方式和实际需求来选择适合自己的版本，以提高申报的效率和精准度，保证企业的合法权益和财务安全。