专利授权年费是指专利权人在专利权有效期内每年向国家知识产权局缴纳的费用，用于维持专利权的有效性。而专利证书印花税是指在申请专利授权时，需要向国家知识产权局缴纳的一种税费，用于发放专利证书。这两者虽然都是与专利相关的费用，但是属于不同的科目。
专利授权年费应当作为专利费用计入企业财务报表中的“专利使用费”科目。这是因为专利授权年费是企业为了使用和保护专利权而支付的费用，与其他专利费用（如专利检索费、专利申请费、专利审查费等）一样，都属于专利使用费用范畴。

而专利证书印花税则应当计入企业财务报表中的“税金及附加”科目。这是因为专利证书印花税是一种税费，属于企业需要向国家***缴纳的费用，应当按照税收规定计算和缴纳。
在实际操作中，企业需要注意区分这两种费用，并按照不同的科目进行会计处理。同时，企业还需要及时缴纳专利授权年费和专利证书印花税，以确保专利权的有效性和合法性。