运输公司股东协议合同是股东之间就公司所有权、权益、经营管理等事项达成一致并明确约定的法律文件。要使入股合同有效，首先需要明确合同的订立要件，包括合法的订立意思表示、具体明确的订立内容、真实的合同履行意愿，同时需要满足合同法的相关规定。

在签署运输公司股东协议合同之前，各方应当明确讨论并确定合同的重要条款，如持股比例、投资金额、股权转让和购买的限制、公司治理和决策机制等。这些条款的确定需要充分考虑各方的利益以及公司的发展需求，确保所有股东的权益得到充分保障。

在签署合同之际，各方应当全面了解合同的内容，确保对其条款和约定没有误解或***。签署时需确保是自愿的、真实的意思表示，并充分考虑各方的意愿和目的。在签署之前，应当充分交流、沟通，明确各自的权利和义务，并确定合同生效的日期和执行方式。

为了确保入股合同的有效性，应当遵守法定的形式要求，即以书面形式进行。签订时应当注意各方的签名、日期、签约地点等信息的确切记录，以免因此导致合同的无效。

在签署入股合同后，各方应当按照合同中的约定履行各自的义务，包括支付订立合同时约定的出资金额、履行其他投资承诺等。同时，应当建立健全的合同履行和违约责任机制，确保合同的实施和履行。如果发生争议，各方应当依法通过协商、仲裁等方式加以解决，以维护各方的合法权益。

运输公司股东协议合同的签署须遵循合法、真实、自愿的原则，明确约定重要条款并保证各方的利益。遵守法定形式要求，并严格履行合同中的义务，以确保合同的有效性和实施。同时，合同的签署也应重视交流和沟通，以免因误解或争议影响合同的履行。