软件著作权和专利是两种不同的知识产权，它们的保护对象、保护范围和申请办理程序都存在差异。

首先，软件著作权是指对软件程序的版权保护，包括软件的源代码、文档、图形界面等，也包括软件的整体结构和组织方式。而专利则是对发明的保护，包括产品、方法、装置等，只要是新颖、有创造性和实用性的技术方案都可以申请专利。

其次，软件著作权的保护范围较为广泛，可以保护软件的整体结构、程序代码、用户界面等方面；而专利的保护范围相对较窄，只能保护具体的技术方案。

最后，软件著作权和专利的申请办理程序也存在差异。软件著作权的申请需要提交软件的源代码、文档、图形界面等材料，经过著作权局的审查后，如果符合要求，就可以获得著作权证书。而专利的申请则需要提交专利申请书、说明书、权利要求书等材料，经过专利局的审查后，如果符合要求，就可以获得专利权。

对于软件企业来说，获得软件著作权和专利都有很大的意义。软件著作权可以保护软件的知识产权，防止他人抄袭或篡改软件；而专利则可以保护企业的核心技术，防止竞争对手在同一领域进行仿制或抄袭。因此，软件企业在开发新产品时，应当注意申请软件著作权和专利，以确保其技术和知识产权的安全。