北京市医疗机构许可证是医疗机构执业的重要证明文件。医疗机构需要依据相关法律法规和规定，按照一定的流程申请办理。具体的流程和申请所需的资料清单如下：

一、办理流程

1、医疗机构申请办理许可证前，应当先进行备案登记，取得备案证明。

2、医疗机构向所在地卫生计生行政部门申请办理许可证。

3、所在地卫生计生行政部门对医疗机构进行审查，包括实地检查、资格审查等。

4、经过审查合格后，卫生计生行政部门向北京市卫生计生委申请办理许可证。

5、北京市卫生计生委对医疗机构进行综合评估，包括实地检查、资格审查等。

6、经过评估合格后，北京市卫生计生委颁发医疗机构许可证。

二、申请所需资料清单

1、医疗机构备案证明。

2、医疗机构基本情况介绍，包括机构名称、注册资金、法定代表人、负责人等。

3、医疗机构的法人营业执照副本、组织机构代码证、税务登记证等相关证件。

4、医疗机构的执业范围和规模，包括专业技术人员数量、医疗设备、床位数等。

5、医疗机构的医疗卫生管理制度、质量管理制度等相关文件。

6、医疗机构的人员资格证书、聘用合同等相关材料。

7、医疗机构的场所租赁协议、房产证明等相关材料。

8、医疗机构的安全生产许可证、消防安全检查合格证等相关材料。

9、医疗机构的财务报表、审计报告等相关资料。

10、医疗机构的其他相关证明文件。